Nagato
Nagato, známý také jako Pein, byl uznaný vůdce Akatsuki a Skryté Deštné vesnice.
Dětství a mládí[]
Nagato se narodil do obyčejné rodiny ze Skryté Deštné, jeho rodiče nebyli nindžové. Jednoho večera za války, když byl Nagato ještě malý chlapec, vtrhli do jejich domu nindžové ze Skryté Listové a jelikož si jeho rodiče spletli s nepřátelskými nindži, před jeho zrakem je zabili. Nagato tak poprvé použil svůj Rinnegan, který byl zahalený pod jeho vlasy, a který mu jako nemluvněti implantoval Uchiha Madara. Tím zabil oba nindži, ale pak omdlel. Když se probral a poznal, že to nebyl jen sen, sbalil si zbytek jídla a vydal se pryč z domu.
Během cesty mu došlo jídlo a on skoro zemřel hlady, ale zachránila ho mladá dívka Konan. Ta ho zavedla k dalšímu válečnému sirotkovi, Yahikovi. Nagato se k nim přidal a stali se nejlepšími přáteli. Jednoho dne uviděli bojovat vůdce Skryté Deštné, Hanso Salamandra, s třemi nindži z Listové. Byli to Orochimaru, Tsunade a Jiraiya. Jelikož přežili boj s Hansem a ten je uznal a nazval Legendárními Sanniny, vydali se je poté Yahiko, Konan a Nagato hledat a požádat je, aby je trénovali jako nindži.
Nakonec je našli a Jiraiya se jich ujal. Zprvu nechtěl trojici trénovat, ale když se dozvěděl o Nagatově Rinneganu, svolil k jejich tréninku, aby se Nagato naučil svou sílu ovládat. Nagato se zprvu Jiraiyi bál, protože byl nindža z Listové a nindžové z Listové zabili jeho rodiče, ale nakonec ho začal mít rád. Jiriya je trénoval několik let a když usoudil, že jsou už dostatečně zkušení a soběstační, opustil je a vrátil se do Skryté Listové.
Yahiko chtěl pak uskutečnit svůj sen, "Stát se bohem tohoto světa, aby už nikdy nebyla válka". Proto spolu s Nagatem a Konan založili Akatsuki, původně skupinu nindžů, která bude bojovat za mír ve Skryté Deštné. Yahiko smýšlel o Nagatovi jako o "Mostu k míru" a on a Konan byli podle něj jen jeho pilíři. Nagato to viděl naopak. Po několika letech si jich konečně všiml Hanso a už je nemohl dál přehlížet. Domluvil s nimi mírovou schůzku, jenže potají přizval Danza a jeho jednotky ANBU ze Skryté Listové, aby se rostoucí hrozby Akatsuki zbavil.
Když se s Nagatem a Yahikem setkal, odhalil, že zajal Konan a vyhrožoval, že ji zabije, pokud Nagato nezabije svého vůdce Yahika. Ten to udělat nechtěl, ale Yahiko se sám nabodl na jeho kunai a zemřel se slovy "Ty jsi mostem k míru" a s úsměvem na rtech. Poté Hanso nařídil zabít i Nagata. Jenže ten se smrtí Yahika strašlivě rozzuřil, pomocí síly Rinneganu odrazil všechny kunaie, osvobodil Konan a potom přivolal sochu Gedou. Ta se na něj "napíchla" a pomocí jeho chakry vytvořila iluzorního draka, kterým zabila všechny nepřátele až na Hansa a Danza, kteří uprchli. Nagato se pak odpoutal od sochy Gedou, ale už navždy zůstal hubený až na kost a zřejmě nebyl schopen sám chodit.
Po těchto událostech Nagata vyhledal Uchiha Obito, který se představil jako Uchiha Madara a přesvědčil Nagata o svém plánu Tsuki no me. Pak se stal v Akatsuki skrytým vůdcem a Nagato začal plnit jeho příkazy.
Pein vs. Jiraiya[]
Nagato jako Pein
V přetvořené Akatsuki měl Nagato pouze jeden cíl, pochytat všechny Bijuu a uskutečnit plán Nekonečného Tsukoyomi.
Postupně pochytali všechny Bijuu až na Hachibiho a Kyuubiho. Poté ho našel a odhalil Jiraiya, jeho bývalý mistr. Nagato se s ním střetl pomocí svých šesti sfér, které ovládal "ze stínu". Jiraiya byl nucen použít Sennin mód, ale nakonec ho Nagato porazil a usmrtil, protože Jiraiya neznal jeho pravé schopnosti.
Nicméně Jiraiya stačil před smrtí zanechat vzkaz na zádech Fukasaku-sama - "Ten pravý není mezi nimi", čímž myslel to, že odhalil pravdu o Peinovi. Tuto zprávu pak poslal zpět do Listové.
Nagato a Naruto[]
Po Jiraiyově smrti se Nagato vydal do Skryté Listové, aby chytil Naruta. Ten se v té době ale nacházel na hoře Myoboku, kde trénoval Senjutsu pod vedení Fukasaku-sama. Než se to Nagato dozvěděl, svou technikou zničil Skrytou Listovou a pozabíjel mnoho nindžů, včetně Kakashiho. Naruto ale mezitím zvládl Sennin mód a když se dozvěděl, že Listová je pod útokem, spolu s Fukasaku-sama, Shimou-sama a třemi silnými ropušími válečníky se přesunul do Listové.
Když uviděl, že je vesnice zničená, rozzuřil se a okamžitě začal s Nagatem, tedy s jeho šesti sférami, bojovat. Pomocí Sennin módu v líté bitvě pozabíjel všechny sféry kromě té hlavní, vytvořené z Yahikova těla. Potom mu ale došli síly a Nagato ho přišpendlil k zemi pomocí chakrových tyčí.
Když to uviděla Hinata, běžela Naruta chránit, jenže Nagatově síle se vyrovnat nemohla ani v nejmenším. Během boje řekla Narutovi, že ho miluje, a pak ji před jeho očima Nagato probodl. Naruto neovládl svůj naprostý zničující vztek a dobrovolně a naplno se poddal Kyuubimu. Narostlo mu šest ocasů a svým drtivým útokem donutil Nagata k ústupu. Nagato byl donucen použít skoro veškerou svou chakru, aby použil Chibaku tensei, kterým chtěl Naruta v Kyuubi formě zastavit. Vypadalo to, že se to povede, jenže Narutův
Naruto potkává Nagata
vztek se stupňoval až do takové míry, že mu na okamažik narostlo devět ocasů a z Chibaku tensei se začal dostávat ven. V tu chvíli se v Narutově mysli zjevil Čtvrý Hokage, Namikaze Minato, a řekl mu, že je jeho otec. Naruto se tak zbavil vzteku a pochybností, potlačil Kyuubiho a změnil se zpět na sebe. Pak pomocí klonů a Rasenganu porazil poslední Nagatovu sféru a vydal se hledat jeho skutečné tělo. Pomocí proudění chakry z chakrových tyčí ho brzy našel, jak se ukrývá ve falešném stromě spolu s Konan.
Nejdřívě chtěl Naruto Nagata zabít, ale potlačil svůj vztek a chtěl slyšet Nagatův příběh, aby mu dal odpověď na jeho otázku, jak se hodlá vypořádat s nenávistí ve světě. Nagato mu svůj příběh pověděl a Naruto mu po chvíli odpověděl, že bude pokračovat ve stopách svého mistra. Naruto nakonec překonal svůj hněv a Nagata nezabil, protože by tak jen prodloužil řetěz nenávisti, o kterém Nagato mluvil. Tím získal Nagata zpět na stranu dobra. Ten vložil osud světa do rukou Naruta a použil Rinne Tensei no Jutsu, kterým oživil všechny nindžy z Listové, které zabil. Neměl ovšem už moc chakry a po použití techniky zemřel. V míru, protože uvěřil, že Naruto je opravdu spasitelem tohoto světa.