Chakra (チャクラ, chakura, "CREW" Čakra) je směs fyzické (身体エネルギー, shintai enerugī) energie, která je přítomna v každé buňce těla a duševní energie (精神エネルギー, seishin enerugī) získané cvíčením a zkušenostmi. Chakra má svůj vlastní systém čakrových vláken po celém těle. S těla vychází body (tzv. tenketsu), který má každý ninja po těle 361. Prostřednictvím různých metod, nejčastější jsou ruční pečetě, je možné s čakry vytvořit efekt, který by byl jinak nemožný. Například chůze po vodě, vydechování ohně nebo vytváření iluze.
Smícháváním různých poměrů obou energií se dá vytvořit nový element čakry. Většina ninjů má přirozenou afinitu k jednomu elementuu čakry. Existuje pět základních elementů, každý je silnější a slabší k jinému. Kromě těchto elementů existují Kekkei Genkai, které dokážou smíchat dva elementy a vytvoří nový element, například smíšením vody a větru dostaneme led. Zatímco mnoho ninjů dokáže používat víc než jeden element, dohromady jich to dokáže pouze pár.
Normální čakra
Ninjutsu
Normální čakra je forma energie, kterou všechny živé bytosti produkují do určité míry. Tato energie cirkuluje v těle v sítí nazývané čakrový oběhový systém (podobně jako kardiovaskulární systém). Některé skupiny jako ninjové se naučili vytvářet mnohem větší čakru a vydávat ji mimo jejich tělo prostřednictví svých "čakrových bodů" (tenketsu) za účelem provádění speciálních technik - jutsu. Čakra není normálně viditelná lidským okem, pouze v situacích, kdy ji člověk uvolněje obrovské množství. To je možné, když se například člověk naučí vypustit čakrový bod tzv. jeden z "Osmi bran", které při vypustění zvýší uživateli obrovský přísun čakry, ale má vedlejší efekt - ničí tělo uživatele. Další příklad, kdy je možné vidět čakru, jsou konkrétní techniky (jako Rasengan a Chidori).
Mnoho různých druhů technik - ninjutsu, genjutsu, dōjutsu a další, všechny vyžadují použití čakry. Výjimkou je taijutsu, které nevyžaduje používání čakry. Zatímco ninja potřebuje dané množství chakry tj. životní energie, taijutsu nepotřebuje žádné formování nebo manipulaci čakry (s několika výjimkami). Standardní útok jako úder nebo kop spadá do této kategorie.
Čakra je výsledná forma energie, když jsou smíchány dvě jiné formy energie. Tyto dvě energie se označují jako "duchovní energie" a "fyzická energie". Fyzická energie pochází z buněk v těle a může být zvýšena školením, stimulanty nebo cvičením. Duchovní energie je odvozena od mysli, vědomi (tj. duši) a může být zvášena prostřednictvím studia, meditace nebo zkušenostmi. Díky tomu ninjové i ve volném čase trénují nebo se věnují učení.
Manipulace čakry
V Narutovi, čakra vyžaduje čas a hodně tréninku. Klíč není ve skutečnosti dokázat zvýšit čakru, ale být schopen dostatečně kontrolovat a šetřit ji. Každý má čakru, ale jen zkušený ninja může správně "formovat" a "manipulovat" ji do plného rozsahu.
Každému se energie bude lišit v závislosti na typu techniky, kterou ninja chce vyvolat. Jinými slovy když by ninja vytvořil příliš mnoho nebo příliš málo čakry pro danou techniku, technika by byla neefektivní. Navíc i když ninja je schopen formovat správné množství čakry, pokud nebude manipulovat čakrou správně, bude požadovaná technika taky neúčinné, nebo se neprovede vůbec. Plýtvání energií vytvoří také nedostatky jako předčasné vyčerpání. Obecné tréninkové metody pro zlepšení manipulace s čakrou jsou koncentrace v Listové, lezení na stromy a nebo chůze po vodě.
Manipulovaní s chakrou jde snadněji pomocí ručních pečetí. S ručními pečetěmi, mohou uživatelé ovládat jejich chakru s vyšší účinností, což jim umožní vykonávat jejich techniky efektivněji. Různé techniky také vyžadují použití různých ručních pečetí.
Obecný termín pro přesné smíchávní a manipulaci čakry se nazývá "čakrová kontrola". Lidé s vysokou čakrovou kontroly jsou obvykle lékařský ninja nebo senzibil. Oba tyto typy ninjů vyžadují extrémní kontrolu nad čakrou. Genjutsu zřejmě také vyžaduje dobrou čakra kontrolu.
Elementární čakra
Kruhové schéma jednotlivých elementů. Ve směru hodinových ručiček shora: oheň, vítr, blesk, země a voda.
Podle pěti hlavních elementárních typů jsou také pojmenovány pět hlavních národů shinobi: oheň, vítr, blesk, země a voda. Každý ninja má potenciál lépe využít jeden z těchto elementů a potenciálně další. Uživatelé Rinneganu umějí používat na stejném levelu všech pět elementů.
Pokročilé elementy, jako např. Element dřeva a Element ledu jsou tvořeny kombinací různých typů elementárních čaker. Schopnost používat tyto pokročilé elementy umějí pouze uživatelé, kteří tuto schopnost dostanou dědičně, tzv. kekkei genkai - dědičná schopnost.